Université Paris Cité
Séquençage haut débit : Principes et exemples d'applications - Biologie
Certification / expertise
5 jour(s)
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Objectifs
Présentation - Séquençage haut débit : Principes et exemples d'applications - Biologie
Objectifs
- Comprendre les principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications
- Maîtriser les principes technologique de séquençage de nouvelle génération
Compétences visées
Cette formation de 2.5 jours a pour but de vous familiariser avec toutes les technologies de séquençage de l'ADN ou de l'ARN qui sont devenues aujourd'hui incontournables dans votre domaine d'activité.
A l'issue de cette session vous serez capable de concevoir une approche omique adaptée à vos problématiques scientifiques, de la préparation des échantillons biologiques aux choix de la technologie de séquençage de l'ADN ou de l'ARN. De plus, cette formation vous permettra également de vous initier à l'analyse des données omiques de séquençage via l'interface Galaxy.
A l’issue de la formation, l’apprenant est capable de :
- Concevoir un protocole expérimentale basé sur l'utilisation de ces technologies
- Réaliser les premières étapes d'analyses de données omiques
- Interagir avec des responsables de plateformes de séquençage pour la conception de projets et l'analyse de vos données
Public visé
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s, chercheur.e.s en biologie expérimentale, des entreprises et des collectivités dans les domaines des sciences du vivant.Programme
JOUR 1 :- Présentation de la formation.
- Méthodes de séquençage HTS.
- Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications.
- Préparation du matériel biologique I .
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
- Préparation du matériel biologique II.
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.
JOUR 2 :
- Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS.
- Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
- Architecture d’un ordinateur.
- Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
- Appréhender l’analyse bioinformatique des données.
- Présentation de différents cas d’études.
- Initiation à Galaxy I.
- Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
JOUR 3 :
- Initiation à Galaxy II.
- Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
- Table ronde, bilan et discussions entre les participants.
- Discussions scientifiques et retours de la formation.
La formation "Séquençage haut débit : Principes et exemples d'applications - Biologie" vous intéresse ?
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Centre
Université Paris Cité
5 Rue Thomas Mann
75205 Paris cedex 13
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En résumé
Objectif
Certification / expertise
Durée
5 jour(s)
Coût
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