Objectifs
Présentation - Bioinformatique structurale 4 : Dynamique de protéines - Biologie
Objectifs
- La dynamique d’une macromolécule biologique joue un rôle prépondérant pour l’accomplissement de sa fonction. L’objectif est d’initier les participant.e.s à différentes méthodes in silico permettant de fournir des informations dynamiques et conformationnelles.
- Les aspects théoriques seront abordés afin de clairement préciser les limites et les possibilités de telles approches. Différents exemples seront étudiés qui caractériseront différentes échelles de mouvement en présence de différents types d’environnement. Ainsi, le cas des protéines solubles et celui des protéines membranaires seront traités spécifiquement.
Compétences visées
- Les aspects théoriques seront abordés afin de clairement préciser les limites et les possibilités de telles approches.
- Différents exemples seront étudiés qui caractériseront différentes échelles de mouvement en présence de différents types d’environnement. Ainsi, le cas des protéines solubles et celui des protéines membranaires seront traités spécifiquement.
Public visé
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
Programme
Partie théorique :
- Les échelles de temps, les échelles de mouvement.
- Dynamique moléculaire.
- Modèles élastiques.
- Analyse de trajectoires et exploration de données structurales au cours du temps.
Partie pratique :
- Dynamique d’une protéine globulaire.
- Dynamique d’une protéine transmembranaire.
- Changement conformationnel de grande amplitude par dynamique vibrationnelle.
Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique.