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Bioinformatique structurale 1 : Modélisation moléculaire - Biologie
Certification / expertise
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Objectifs
Présentation - Bioinformatique structurale 1 : Modélisation moléculaire - BiologieObjectifs
- Acquisition des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.
Compétences visées
A l’issue de la formation, l’apprenant est capable de :
- Utiliser des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.
- Appliquer des méthodes directement sur les projets scientifiques des participants
Public visé
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.Programme
Partie théorique :De la séquence à la structure :
- Elaboration de modèles structuraux sur la base de structures connues de protéines homologues.
- Principes de la modélisation par homologie.
- Rappels sur les familles de repliement protéique.
- Description des bases de données de structures : Protein Data Bank.
- Alignements de séquences et structures.
- Sélection des cibles structurales, construction des squelettes polypeptidiques, boucles et structures secondaires.
- Les chaînes latérales : Description des conformations. Outils de construction.
- Optimisation des structures construites sur la base de critères énergétiques : Notion de champ de force.
- Evaluation des modèles construits. Recommandations.
- Cas particulier des protéines membranaires : Prédiction des segments transmembranaires.
Partie pratique :
- Sur des stations LINUX ou WINDOWS.
- Rappels d’utilisation des programmes d’analyse de séquence (le choix des différents programmes est essentiellement basé sur leur disponibilité et gratuité via Internet).
- Initiation aux programmes de modélisation par homologie SwissPdbViewer, Modeller.
- Prédiction de la conformation des chaînes latérales.
- L’accent sera mis sur les limites des différentes approches et les précautions à respecter dans le cadre de ces différents outils.
Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique .
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De l'année 2024 à 2025
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En résumé
Objectif
Certification / expertise
Durée
4 jour(s)
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